Το ΠΕ.Κ.Ε.Σ. έχει ως αποστολή τον εκπαιδευτικό σχεδιασμό, την παρακολούθηση, τον συντονισμό και τη στήριξη του εκπαιδευτικού έργου των δημόσιων και ιδιωτικών σχολικών μονάδων καθώς και των Ε.Κ., τον συντονισμό των Κ.Ε.Σ.Υ., των Κ.Ε.Α. και των Ε.Κ.Φ.Ε. της Περιφερειακής Διεύθυνσης Εκπαίδευσης Κεντρικής Μακεδονίας, την επιστημονική και παιδαγωγική υποστήριξη των εκπαιδευτικών της δημόσιας και της ιδιωτικής εκπαίδευσης, την οργάνωση της επιμόρφωσης, περιλαμβανομένης και της εισαγωγικής των εκπαιδευτικών, την υποστήριξη του προγραμματισμού και της αποτίμησης του εκπαιδευτικού έργου σε περιφερειακό επίπεδο.